作业1答案

练习1 下载并安装R软件

1. 下载并安装R软件
2. 了解R的菜单
3. 安装程序包

练习2 安装并导入R程序包

1. 安装程序包MASS
2. 加载程序包MASS

> install.packages("MASS")
> library(MASS)

练习3 查看帮助文件

1. 打开ape软件包的帮助文件
2. 导入ape程序包
3. 查找ape包中plot.phylo函数的帮助
4. 将其中的Example文件粘贴到Console中，查看运行的结果

> help(package="ape")
> library(ape)
#example:
> x <- rtree(10)
> print(x)

Phylogenetic tree with 10 tips and 9 internal nodes.

Tip labels:
    t1, t4, t10, t9, t3, t6, ...

Rooted; includes branch lengths.
> print(x, printlen = 10)

Phylogenetic tree with 10 tips and 9 internal nodes.

Tip labels:
 [1] "t1"  "t4"  "t10" "t9"  "t3"  "t6"  "t2"  "t7"  "t5"  "t8" 

Rooted; includes branch lengths.
> x <- rmtree(2, 10)
> print(x)
2 phylogenetic trees
> print(x, TRUE)
2 phylogenetic trees
tree 1 : 10 tips
tree 2 : 10 tips
> str(x)
Class "multiPhylo"
List of 2
 $ :List of 4
  ..$ edge       : int [1:18, 1:2] 11 12 13 14 15 15 16 16 14 13 ...
  ..$ tip.label  : chr [1:10] "t7" "t1" "t5" "t3" ...
  ..$ edge.length: num [1:18] 0.231 0.56 0.224 0.955 0.521 ...
  ..$ Nnode      : int 9
  ..- attr(*, "class")= chr "phylo"
  ..- attr(*, "order")= chr "cladewise"
 $ :List of 4
  ..$ edge       : int [1:18, 1:2] 11 12 12 11 13 14 15 15 14 13 ...
  ..$ tip.label  : chr [1:10] "t3" "t2" "t9" "t7" ...
  ..$ edge.length: num [1:18] 0.537 0.477 0.962 0.283 0.275 ...
  ..$ Nnode      : int 9
  ..- attr(*, "class")= chr "phylo"
  ..- attr(*, "order")= chr "cladewise"

练习4 查看boxplot的帮助文件

1. 在控制台中输入 ?boxplot
2. 查看最后的examples 将帮助文件中的examples粘贴到控制台中，运行并观看运行结果

> ?boxplot
#example:
> boxplot(count ~ spray, data = InsectSprays, col = "lightgray")

练习5 因子生成

1. 将100,200,200,200,400,600,600,600,800 输入R中，保存到numeric对象中
2. 将numeric转换为factor
3. 查看factor numeric的内容

> numeric <- c(100,200,200,200,400,600,600,600,800)
> numeric <- as.factor(numeric)
> numeric
[1] 100 200 200 200 400 600 600 600 800
Levels: 100 200 400 600 800

练习6 了解工作路径

1. 查看当前R工作的空间目录
2. 将R工作的路径设置为 d:/data/

> getwd()
> setwd("d:/data/")

练习7 编写函数实现下面功能

1. 将向量a中n个数相反顺序存放
2. 向量a与向量b等长，将两个向量对应位置数值交错排列，生成向量ab

f1 <- function(a){
  length <- length(a)
  for (i in 1:(length/2)){
    b <- a[i]
    a[i] <- a[length+1-i]
    a[length+1-i] <- b
  }
  return(a)
}
f2 <- function(a,b){
  length <- length(a)
  ab <- c()
  for (i in 1:length){
    ab[2*i-1] <- a[i]
    ab[2*i] <- b[i]
  }
  return(ab)
}